EL Altar Mayor de planta poligonal está cubierto por una bóveda de seis nervios. Tiene cinco ventanales y se comunica con la girola a través de dos puertas laterales. Tanto la bóveda como los muros estaban ornamentados con murales encargados a Miquel Alcanyís, que hizo en 1432, pero que desaparecieron en un incendio en 1469. Posteriormente, hacia 1474, se encargaron nuevas pinturas, de estilo renacentista, a Paolo de San Leocadio y Francesco Pagano. Estas pinturas fueran tapadas, sin embargo, por una lujosa ornamentación barroca durante 1674-1682, llevada a cabo bajo la dirección de Juan Pérez Castiel. El ábside gótico de planta poligonal quedó recubierto con nuevas bóvedas, superposición de adornos, imágenes, pilastras, columnas salomónicas, canecillos, ménsulas, pechinas, tímpanos partidos, festones, ángeles dorados, etc. La riqueza de mármoles y dorados, la suntuosidad de las formas y profusa decoración evocaba el estilo rococó.

Así fue hasta junio de 2004, cuando por azar fueron encontradas bajo la bóveda de Juan Pérez Castiel unas pinturas de gran belleza que han sido fechadas en 1474. Dichas obras son las pinturas antes mencionadas de Paolo de San Leocadio y Francesco Pagano, y representan ángeles tocando instrumentos musicales. Poco después del incendio de 1469, hacia 1474, el que sería futuro papa Alejandro VI ordenó a ambos pintores que realizaran las pinturas al fresco que ahora se vuelven a contemplar, después de que la bóveda de Pérez Castiel fuera desmontada.

Capilla Mayor de la catedral de Valencia, con los ángeles músicos de Paolo de San Leocadio y Francesco Pagano. Los instrumentos que tocan son de izquierda a derecha una trompeta, una pandereta, una cítara, un organetto, un dulcemelos, un laúd, una viola de arco, una arpa, una vihuela, una dulzaina, una flauta doble y una trompeta de nuevo.