Se trata de una de las capillas laterales de la parte derecha de la nave central, dedicada a San Francisco de Borja, la cual contiene dos magníficos cuadros de Goya de 1788. El de la izquierda representa a San Francisco de Borja despidiéndose de sus familiares en el Palacio Ducal de Gandía para ingresar en la Compañía de Jesús. A la derecha encontramos San Francisco de Borja, ya sacerdote jesuita, que asiste a un moribundo impenitente.